A história secular do Colégio São Francisco de Sales, mais conhecido como Colégio Diocesano, começa no início do século XX. No dia 25 de março de 1906, o Diocesano abriu suas portas para iniciar uma história de compromisso com a educação no Piauí. Idealizado pelo primeiro bispo do Piauí, Dom Joaquim Antônio de Almeida, funcionou por um ano em sede alugada.
O atual prédio foi erguido em 1907, ocupando todo o quarteirão entre as ruas Olavo Bilac e São Pedro. O Seminário Diocesano funcionou no mesmo prédio até o final de 1914, quando as atividades foram interrompidas por falta de recurso financeiro.
Em 1924, ao ser nomeado bispo, Dom Severino Vieira de Melo teve como uma das suas metas principais a reabertura do colégio. Em 1º de fevereiro de 1925, a instituição foi reaberta em regime de internato, semi-internato e externato. Em 1959, novas mudanças: o padre Deusdedith Craveiro – último diretor do colégio sob a administração da Diocese – decidiu encerrar com o regime de internato e semi-internato.
No início da década de 1960, em 13 de março, a instituição foi entregue aos padres jesuítas que regressavam ao Piauí. O Colégio Arquidiocesano São Francisco de Sales passava agora a integrar as obras da Companhia de Jesus. O Colégio Diocesano Infantil, por sua vez, foi inaugurado em 2003, atendendo a estudantes entre dois e seis anos de idade.
